Научно-исследовательский институт Российской таможенной академии является преемником научно-исследовательского центра. Начало становления научно-исследовательского центра Российской таможенной академии произошло в Институте повышения квалификации и переподготовки работников таможенных учреждений, в котором была организована проблемная научно-исследовательская лаборатория (руководитель доктор философских наук, профессор П.В. Дзюбенко)».

Сотрудники Научно-исследовательского института Российской таможенной академии (2018 г.)
После создания Российской таможенной академии приказом ГТК России от 5 октября 1994 года за № 516 было утверждено штатное расписание, в котором был предусмотрен научно-аналитический центр Академии (руководитель Сергей Васильевич Барамзин). Позже приказом Академии от 20 марта 1995 года за № 109-К научно-аналитический центр был переименован в научно-исследовательский центр (отдел) с общей численностью 17 человек, и.о.начальника которого был назначен кандидат экономических наук, доцент Вадим Борисович Кухаренко, а затем (с 19.06.1995 г.) доктор технических наук, профессор Рудаков Валерий Борисович.
В целях повышения эффективности учебного процесса, совершенствования системы переподготовки и повышения квалификации кадров, организации проведения научных исследований, улучшения управления функциональными подразделениями Российской таможенной академии и обеспечения связи с Государственным таможенным комитетом Российской Федерации и внешними организациями на основании приказа ГТК России от 11 сентября 1995 года за № 484-К в структуре научно-исследовательского центра Академии создано подразделение общих и специальных информационных технологий в составе двух лабораторий: лаборатория программного обеспечения информационных технологий (штат 9 человек, руководитель кандидат технических наук Виктор Владимирович Макрусев), и лаборатория сопровождения автоматизированной информационной системы Академии (штат 10 человек, руководитель кандидат технических наук Песиголовец Геннадий Юрьевич).
В целях разработки научно обоснованных решений по повышению эффективности управления деятельностью таможенных органов и научно-методического сопровождения задач оперативного управления и перспективного планирования, разработки прикладных методов таможенного дела и внедрения их в практику работы таможенных органов приказом ГТК России от 29 мая 1996 года № 325 в структуре Российской таможенной академии была предусмотрена лаборатория научно-прикладных методов таможенного дела численностью 12 человек (руководитель Гутников Олег Александрович).
В соответствии с приказом ГТК России от 31 июля 1996 года № 468 утверждено штатное расписание, предусматривающее наличие научно-исследовательского центра (отдела) численностью 17 человек (руководитель кандидат экономических наук, доцент В.Б. Кухаренко) и создание научно-информационного центра (отдела) численностью 30 человек (руководитель доктор технических наук, профессор В.Б. Рудаков).
Далее, во исполнение приказов ГТК России от 4 декабря 2002 года № 1101 и от 3 апреля 2002 года № 313 и в соответствии с приказом Академии от 19 апреля 2002 года № 208-К было введено новое штатное расписание, предусматривающее наличие научно-исследовательского центра (на правах отдела) численностью 22 человека (руководитель В.Б. Кухаренко).
В структуру научно-информационного центра (на правах отдела) входили три лаборатории: научно-прикладных методов таможенного дела численностью 9 человек (руководитель В.В. Макрусев), информационных проблем таможенного дела численностью 8 человек (руководитель Гапченко А.В.), сопровождения и обслуживания единой автоматизированной информационной системы Академии численностью 7 человек (руководитель О.А. Гутников).
В 2002 г. начальником научно-исследовательского центра был назначен д-р геогр. наук, профессор В.Г. Свинухов, который ранее занимал должность проректора по научной работе Владивостокского филиала РТА.
С 2005 г. на должность начальника НИЦ была назначена Н.Г. Липатова, канд. техн. наук, ст. науч. сотр., подполковник таможенной службы, стаж научной работы 39 лет, «Отличник таможенной службы», награждена медалями «За укрепление таможенного содружества» и «За усердие», нагрудными знаками «10 лет ГТК» и «10 лет РТА».
В 2014 на базе Российской таможенной академии начал работу Научно-исследовательский институт (НИИ РТА).
Институт ведет фундаментальные, поисковые, прикладные научно-исследовательские, опытно-конструкторские работы, осуществляет инновационную научную деятельность в области таможенного дела. Основными направлениями деятельности являются выполнение работ по проблемам таможенной деятельности, участие в научно-технических программах, подготовка научных трудов (монографий, статей, докладов, учебников), подготовка информационно-аналитических материалов для совещаний и коллегий ФТС России и для средств массовой информации.
Важной задачей НИИ РТА является развитие новых прогрессивных форм научного сотрудничества с таможенными органами, научными, проектно-конструкторскими, технологическими организациями и промышленными предприятиями с целью совместного решения важнейших научно-технических задач, создания высоких технологий и расширения использования разработок в таможенном деле.
Научно-исследовательский институт активно взаимодействует с представителями деловых кругов, крупными участниками внешнеэкономической деятельности.
В научно-исследовательском институте сложился сплочённый научный коллектив, обладающий большим опытом успешного выполнения НИР, который в настоящее время выполняет широкий спектр разноплановых работ.
В НИИ Российской таможенной академии сложился сплочённый научный коллектив, обладающий большим опытом успешного выполнения НИР, который в настоящее время выполняет широкий спектр разноплановых работ.