Академия проводит научные исследования на основе сотрудничества с таможенными органами, вузами, научными учреждениями, научными организациями и предприятиями всех форм собственности. Подписаны соглашения о взаимодействии в области проведения научных исследований со следующими учреждениями:
- Приволжское таможенное управление ФТС России.
- Санкт-Петербургский университет информационных технологий, механики и оптики.
- Восточно-Сибирский государственный технологический университет.
- Государственное научное учреждение «Государственный научно-исследовательский институт системного анализа Счетной палаты Российской Федерации».
- ФГБУ «Научно-исследовательский центр Федеральной службы РФ по контролю за оборотом наркотиков».
- ФГУП «Восход».
- ФГОУ ВПО «Северо-Западная академия госслужбы».
- ЗАО «Прогноз».
- НП «Управляющая компания «Социум-Холдинг».
- ОАО «Московское конструкторское бюро «Компас».
- ООО «АВИ Лаб».
- ООО «Автоматизированные системы и бюджетный консалтинг».
- ООО «САС Институт».
В рамках международного сотрудничества при проведении научных исследований академия взаимодействует со следующими учреждениями:
 | Белорусский национальный технический (Белоруссия) |
 | Национальная академия таможни, акцизов и противодействия наркотикам (Индия) |
 | Рижский технический университет (Латвия) |
 | Университет таможни и логистики (Польша) |
 | Шанхайская таможенная академия (Китай) |
 | Вестфальский университет им. Вильгельма (Германия) |
 | Канберрский университет (Австралия. г. Канберра) |
 | Региональный учебный центр Европейского региона (Азербайджан) |
 | Региональный учебный центр Европейского региона (Венгрия) |
 | Региональный учебный центр Европейского региона (Македония) |
 | Региональный учебный центр Европейского союза (Казахстан) |
 | Штаб-квартира Всемирной таможенной организации (ВТамО) (Королевство Бельгия, г. Брюссель) |
Информация по стоянию на 12.12.2022
Telegram: https://t.me/teloneum